El 5 de febrero de 1958, mediante el Decreto Ley Nº1291, se crea el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), en respuesta a la percepción socialmente generalizada de la necesidad de estructurar un organismo académico que promoviera la investigación científica y tecnológica en el país. Su primer presidente fue el Dr. Bernardo A. Houssay, Premio Nobel de Fisiología y Medicina en 1947.

Actualmente, el CONICET revista como ente autárquico del Estado Nacional en jurisdicción del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva. Siendo su misión la promoción y ejecución de actividades científicas y tecnológicas en todo el territorio nacional y en las distintas áreas del conocimiento.

En el año 1982  se crea el primer instituto bajo dependencia del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) y la Universidad Nacional de San Luis, fue el Instituto de Matemática Aplicada San Luis (IMASL). Posteriormente en el año 1983 se firma el convenio de colaboración para la creación y funcionamiento del Instituto de Investigaciones en Tecnología Química (INTEQUI). En el año 2007 se crean el Instituto de Química de San Luis (INQUISAL), el Instituto de Física Aplicada (INFAP) y el Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis (IMIBIO-SL). Quedando así conformada la actual distribución del CONICET San Luis.

A partir del decreto Nº 310/07 se reorganiza la estructura de la red institucional del CONICET, con la creación de los Centros Científicos Tecnológicos (CCT). Establecidos dentro de un modelo territorial descentralizado fueron concebidos como ámbitos de  generación de iniciativas regionales y de representación local. Para la descentralización administrativa e instrumentar políticas a nivel nacional de forma más eficiente.

En 2008 por  Resolución Nro. 569/08 el CONICET  crea el Centro Científico Tecnológico  CONICET- SAN LUIS y su correspondiente Unidad de Administración Territorial (UAT). Fue puesto en marcha formalmente el 11 de Diciembre de 2008.